奈良時代、聖武天皇の勅願により、良弁僧正によって開かれた石山寺は、巨大な硅灰石（天然記念物）の上に建立されました。本尊は、安産・福徳・縁結・厄除けに霊験あらたかな秘仏 如意輪観音菩薩です。

　平安時代に再建され、滋賀県で最古の木造建築である本堂（国宝）は、硅灰石の上に建立された懸造の堂宇です。また、秘仏である如意輪観音も硅灰石に坐しています。平安時代には「石山詣で」が流行し、観音の救いを求めて多くの貴族が参籠しました。『蜻蛉日記』の藤原道綱母、『更級日記』の菅原孝標女、『枕草子』の清少納言など、特に上流文学者信仰が厚く、その中の一人、紫式部は石山寺に参籠中に琵琶湖に映る月を見て世界最古の長編小説『源氏物語』を起筆しました。この伝説は『石山寺縁起絵巻』（重要文化財）に記されており、その部屋が「源氏の間」として残されています。

　また、多宝塔（国宝）や御影堂（重文）などの建造物、本尊如意輪観音の胎内仏四躯（飛鳥～天平、重要文化財）などの仏像、石山寺縁起絵巻（重文）や源氏物語絵巻 末摘花（重文）などの絵巻物、薫聖教（国宝）や石山寺一切経（重要文化財）など約7000点にものぼる経典・聖教・古文書類のほか、紫式部と『源氏物語』にちなんだ作品が数多く伝えられています。

　一年を通じて、椿、梅、桜、ボタン、キリシマツツジ、花ショウブ、アジサイ、モミジ、サザンカなど、季節の花々が絶えない「花の寺」としても知られています。