谷汲山華厳寺の創建は、今から約千二百年前の延暦十七年（798年）で開祖は豊然上人、本願は大口大領です。

奥州白川郷の大口大領はつねづねより十一面観音の尊像を建立したいと強く願っており、京の都から観音像を故郷へ持ち帰る最中、突然尊像が重く動かなくなり、この地こそが結縁の地であろうと山中に柴の庵を結び、三衣一鉢、誠に持戒堅固な豊上人という聖（ひじり）と力を合わせて山谷を開き、堂宇を建てて尊像を安置し奉りました。すると堂近くの岩穴より油が滾々と湧き出し、いっこうに尽きることが無かったので、それより後は燈明に困ることが無かったといいます。

この話を聞こし召された当時の天皇、醍醐天皇（885-930）は谷から湧き出る油を燈明に用いたのにちなんで「谷汲山」の山号、そして「華厳寺」の扁額を下賜せられました。この寺号は御尊像に華厳経が書写されている事にちなむとされています。

天慶七年（944年）には、朱雀天皇（923-952）より鎮護国家の道場として勅願寺に定められ、仏具・福田として一万五千石を拝領賜りました。

また西国巡礼中興の祖とされる花山法皇（968-1008）は西国三十三所の霊場を御徒歩で御巡幸あらせられ、当山を第三十三番札所の満願所と定められ、御禅衣（笈摺）、御杖、及び三首の御詠歌を奉納せられました。

およそ百八十余年を経て後白河法皇（1127-1192）は、先帝花山法皇の御跡を慕われて同行千有余人を従えて御巡幸あらせられました。

それから後は建武元年（1334年）足利氏と新田氏の戦乱が起こり、新田氏一族堀口美濃守貞満の乱を始めとする戦乱で幾度と諸堂伽藍を焼失するも、このような危難の中、御本尊だけは辛うじて後方の山中に移し奉って御安泰なることを得ました。以後文明十一年（1479年）の再興までは二度の兵燹に遭い、一時期は衰退を迎えるも、人皇百五代・後土御門天皇（1442-1500）の御宇、文明十一年（1478年）薩摩国鹿児島の慈眼寺住職道破拾穀（どうはじっこく）上人が海山を越えて遥々尋ね来て、本堂及び諸堂を再興して尊像の御心を安め奉ったのです。

その後幾多の星霜を経て大破したので、明治八年（1875年）豪泰法印が再建の願主となり、同十二年（1879年）現在のお堂が再建されています。 このように当山は古来より観音信仰の霊験厚く、また天皇、法皇を始めとする皇室、朝廷、有力豪族や民衆からの帰依厚く、益々の隆盛を極めました。

当山では西国三十三番の満願霊場として花山法皇が詠まれた御製三首の御詠歌にちなんで三つの御朱印をお授けしております。三つの御朱印は本堂（観音堂）、満願堂、笈摺堂を指し、それぞれ現在・過去・未来を表しているとされております 。