大宝三（七〇三）年に元興寺の弁基上人がこの山で修行していたところ、愛用の水晶の壺を坂の上の庵に納め、感得した像を刻んで祀ったのが始まりといわれています。

養老元（七十七）年に元正天皇により八角円堂が建てられ、南法華寺の正式寺号を賜りました。

礼堂に続く本堂八角円堂におわすご本尊は、十一面千手観世音菩薩。胸の前に手を合わせ、法力を湛えたお姿で、衆生救済への力強い意地を感じさせる。殊に眼病に霊験あらたかな観音様、目の観音様として、広く信仰を集めてきました。失明回復祈願にまつわるお里・沢市の夫婦愛を描いた浄瑠璃「壺坂霊験記」が巷で大きな共感を呼び、寺への信仰も広まりました。

また、昭和三十九年より始まったインドでのハンセン病患者救済活動のご縁からご招来された、世界最大級の天竺渡来大観音石像、大涅槃石像、大釈迦如来石像等、巨大石像群が境内にシルクロードの香を漂わせる。春から初夏にかけて、桜、やまぶき、つつじ、ラベンダーが咲き誇り、秋には境内一円のもみじや周辺の山々が色づき紅葉の風景が広がります。重要文化財の本堂礼堂、三重塔と伴に大講堂はじめ、多宝塔、灌頂堂、慈眼堂などの平成の新伽藍が広がります。