善峯寺は平安中期の長元2年（1029）源算上人により開かれました。源算上人は比叡山横川の恵心僧都（源信）に師事して、47歳で当山に入り、小堂に御自作の千手観音を本尊として奉安されます。長元7年（1034）後一条天皇より鎮護国家の勅命所と定められ、「良峯寺」の寺号が下賜されます。長久3年（1042）後朱雀天皇勅命により、洛東鷲尾寺の仁弘法師御作千手観音を当山に遷して本尊とされて、先の観音像を別に祀られました。建久3年（1192）後鳥羽天皇より現在の「善峯寺」の宸額が下賜されました。また、白河天皇や後花園天皇により伽羅寄進整備がなされ、後嵯峨天皇や後深草天皇など皇室の御崇敬をうけました。

鎌倉時代には慈鎮和尚や証空上人が住職を勤め、また西山宮道覚入道親王を始め、青蓮院門跡おり多くの親王が居され、他にも多数の僧の入山により、室町時代には僧坊52に及びますが、応仁の乱により大半の坊が焼失しました。その後、江戸時代には徳川5代将軍綱吉公の生母である桂昌院を大檀那として、現存の鐘楼・観音堂・護摩堂・鎮守杜・薬師堂・経堂が復興されて、生田の貴重な什物が寄進されました。

現在の当山は、西国三十三所観音信仰、遊龍の松、桜・あじさい・秋明菊・紅葉など季節を彩り、京都市内の眺望が特徴です。また、所有地36万坪、境内地3万坪、多くの堂塔伽羅ならびに数百点にのぼる貴重な什物を受継いでいます。